Ο Τόμας και οι σύντροφοι του έχουν να αντιμετωπίσουν ακόμα μία πρόκληση, τη μεγαλύτερη ως τώρα. Πρέπει να βρουν στοιχεία για τον μυστηριώδη, όσο και πανίσχυρο οργανισμό WCKD.
Το ταξίδι τους οδηγεί στο Σκορτς, ένα απόμερο τοπίο με εικόνες πέρα από τη φαντασία. Εκεί θα ενωθούν με επαναστάτες και θα αντιμετωπίσουν τις αναρίθμητα περισσότερες δυνάμεις του WCKD.
